中西药联合应用不当时也会产生不良反应，出现现毒副作用而影响临床疗效。在中西药并用，或中西药在一日之内交替使用时，都必须严枰格掌屋中西药的配伍禁忌。
1)形成难溶性物质如四环素族及异烟肼等能与石膏海螵蛸石决明龙骨牡蛎瓦楞子等所含钙镁铁铝等离子产生反应，生成难溶于水的络合物，影响前者的吸收，从而降低疗效。
2)影响药物的分布与排泄如磺胺类药物与富含有机酸的乌梅蒲公英五味子山楂等同用，可致磺胺在尿中形成结晶;这类中药还可增加呋喃妥因利福平阿司匹林消炎痛等药在肾脏的重吸收，引起蓄积中毒。
3)抑制酶活性砷可与酶结合形成不溶化的沉淀而使酶失活，故酶类西药如胃蛋白酶多酶片乳酶终生淀粉酶胰酶等不能与含砷中成药六神丸牛黄解毒丸小儿奇应丸解毒消炎丸等合用。
4)酸碱中和如山楂山茱萸五味子及乌梅丸山楂丸保和丸六味地黄丸等酸性中药不应与氨茶碱碳酸氢钠胃舒平等碱性药合用，两者疗效均受影响。
5)产生毒性反应如含汞的朱砂安神丸六神丸人丹七厘散紫雪丹苏合千香丸冠心苏合丸等，不能与溴化钾溴化钠碘化钾碘化钠硫酸亚铁等同服，因可发生还原反应，生成有毒的溴化汞硫化汞碘化汞等。
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